Ich habe gerade eine Stunde lang versucht herauszufinden, warum ich auf meinen TrueCrypt-Container einen bestimmten Ordner nicht speichern konnte.

Der TrueCrypt-Container hat das FAT16-Dateisystem und hat anscheinend große Probleme mit den AppleDouble-Dateien. Das sind die Dateien in denen die Metadaten zu den eigentlichen Dateien gespeichert werden und mit "._" beginnen. (Attribute, Icon, etc.)
Problematisch dabei ist nur, dass beim Kopieren der Finder einfach mit folgendem Fehler quittiert: "Der finder konnte diesen Vorgang nicht abschließen [...] (Fehler: -36)"
Etwas kryptisch, aber was das wirklich heißen soll: "Ich konnte deine Dateien nicht schreiben, da das FAT16-Dateisystem die AppleDouble-Dateien nicht mag."

Das heißt, nachdem ich im Terminal die besagten Dateien mit "rm ._*" in jedem Unterverzeichnis gelöscht hatte, klappte alles.

Wieso gibt es nicht in Mac OS X einfach eine Möglichkeit das Schreiben der Metadaten (genau wie die .DS_store-Dateien) auf FAT-Dateisystemen zu unterbinden?

Auf Netzwerklaufwerken kann man das ja per Terminal und "defaults write com.apple.desktopservices DSDontWriteNetworkStores true" verhindern, aber gezielt für FAT-Dateisystem kann man das leider nicht machen...